
拜谱生物正式推出基于化学蛋白质组学的衣康酸性反应淡化核蛋白组学产品,实现1000+玄妙度绘制位点检测,安稳重演经典的靶点,全周边所有地方生信数据分析解析靶点蛋白功能信息,发现新靶点,并提供从“表明”到“校验”全流程图功能,为深度理解衣康酸及其衍生物在不同疾病研究中的作用机制提供重要依据。
PART 1
01、进行实验工作流程
02、实测值数据文件
03、经“点”初现
在实测值数据统计中,排除两个参考文献中有关报道的径典靶点以至于衣康酸呈现位点,如第1个被出现的衣康酸共价呈现蛋清KEAP1,另外 糖酵解环路中的3个根本酶如LDHA、GAPDH、ALDOA,各种炎性小体结构蛋清NLRP3和肿瘤细胞损伤过程中中的根本蛋清RIPK3等,其质谱图有以下图右图。
04、产品设备的特点
1.多个质控
行业化特异形电极孵育、SDS-PAGE测量、WB认可、子样本相关系数探讨等各个位测量,事关工程后果牢靠性。2.高效果质谱器材机构
在Orbitrap Astral全新几代高辨别质谱仪支持下,变现衣康硝化作用装饰位点及球蛋白监定新层次,促动地理学科研新表明。3.全方案一走式服务的
研究背景拜谱生态学完整的实验室软件,可具备“神经细胞培养计划→测试探针孵育→WB判断→艰深度衣康碱化呈现判断→个性化生信数据分析→对应位点PRM确认”全方法服务质量,省时省钱更皮实。05、分析一下项目(一些)
06、APP方问
PART 2、文献资料每日分享
专著一
日语名称:Chemoproteomic profiling of itaconation by bioorthogonal probes in inflammatory macrophages(Journal of the American Chemical Society,Q1,2020)
汉语副标题:炎症巨噬细胞中生物正交探针的化学蛋白质组学分析
学习信息内容:本研究首次报道了基于衣康酸类似物OI,设计合成了适用于活细胞标记的衣康酸生物正交探针(ITALK),并实现了对炎症巨噬细胞中衣康酸修饰位点的直接鉴定。共鉴定出862个衣康酸化蛋白、1131个半胱氨酸位点,且存在18个赖氨酸和8个组氨酸的衣康酸修饰。这些修饰底物中包括了许多参与到炎症免疫响应和宿主防御相关调节通路中的关键蛋白,例如炎性小体、信号转导、转录和细胞死亡相关蛋白,暗示衣康酸可通过调节多种通路来影响巨噬细胞功能。作者们选取了几个新发现的修饰蛋白BRI3B、WIPI3和RIPK3并通过点突变实验对其修饰位点进行了验证。本研究为理解衣康酸在巨噬细胞炎症反应中的作用机制提供了丰富的数据支持。
(图源:Qin, Wei et al.,J Am Chem Soc. 2020)
论文参考文献二
日语关键词:4-Octyl itaconate restricts STING activation by blocking its palmitoylation(Cell Reports,Q1,2023)
中文字幕版头:4-辛基衣康酸通过阻断STING蛋白棕榈酰化来抑制其活性
研究分析方式:cGAS-STING轴在防御外来病原体和维持免疫稳态中起着至关重要的作用。虽然在了解巨噬细胞活化过程中发生的代谢变化方面已经取得了实质性的进展,但对这些代谢变化如何影响cGAS-STING轴却知之甚少。在这项研究中,作者确定衣康酸的衍生物4-辛基衣康酸(4-OI)抑制cGAS-STING的激活。此外,作者发现4-OI抑制cGAS-STING相关的抗病毒免疫反应和自身免疫性炎症。然而,作者发现内源性衣康酸不影响cGAS-STING激活,表明4-OI和衣康酸的功能不同。从机理上讲,研究发现4-OI直接烷基化STING上的Cys91,阻断STING棕榈酰化和寡聚化。4-OI对STING的烷基化代表了STING的另一种翻译后修饰(PTMs)。该研究的发现揭示了cGAS-STING功能通过4-OI烷基化进行调节的机制,并为不同类型PTMs之间的串扰提供了见解。
(图源:Su, Chaofei et al.,Cell Rep. 2023)
PART 3、案例分享随之出现难点
蛋白质的S-脂酰化(S-acylation)是指脂肪酸与半胱氨酸的巯基通过硫酯键相连。最典型的是棕榈酸,即S-棕榈酰化。催化这一反应的酶属于蛋白质酰基转移酶(protein acyltransferase,PAT)家族,含有DHHC(Asp-His-His-Cys)序列,所以称为DHHC-PAT。由于DHHC基序形成锌指结构域,因此编码这些酶的基因称为含锌指DHHC(zDHHC)。现已发现24种人类zDHHC基因,命名为zDHHC1- 24(无zDHHC10,有zDHHC11B)。这些zDHHC之间的底物亲和力和催化活性差异很大,其中zDHHC17和zDHHC13兼有很强的底物联系本事,而zDHHC3和zDHHC7具有高效的S-酰化作用。
S-棕榈酰化通过两步机制进行(如下图)。第一步是DHHC基序中的半胱氨酸残基被来自棕榈酰-CoA的棕榈酸酰化,形成酰基酶中间体,这一步通常称为自棕榈酰化。第二步是将棕榈酰基部分转移到蛋白质底物中的半胱氨酸巯基上。
(图源:Anderson, Alison M et al.,NPJ Breast Cancer. 2016)
值得一提的是,在拜谱生态学衣康过酸掩盖组评测数据文件中,发现zDHHC13有3个半胱氨酸残基被衣康过酸掩盖(以下几点图)。不妨设想,zDHHC13的半胱氨酸残基被衣康酸烷基化,影响其自棕榈酰化,进一步影响其靶蛋白的棕榈酰化,进而影响相应的生物学功能,为相关机制机理研究提供新思路。
PART 4、拜谱总结ppt
用作TCA巡环中的中心分解分解代谢率物,衣康酸自动调节分解分解代谢率、免疫系统系统系统和宫颈细菌感染范围内的主动目的,为缓解免疫系统系统系统宫颈细菌感染性病症出示了混用缓解战略。衣康酸构成中的亲电性α,β-不饱合羧酸构成能对血清质上的活性氧半胱氨酸残基去烷基化淡化(迈克尔增加发应),这个译员后淡化被被称作“衣康酸淡化(itaconation)”,从而应响血清质工作,国家宏观调控免疫系统系统系统回应和分解分解代谢率渠道,为多样病症抗癫痫药物生产制造出示新要点。拜谱生物作为国内领先的多组学公司,全新推出基于化学蛋白质组学的衣康过酸掩盖蛋白质组学产品,在全流程高精密仪器和高特异性生物正交探针加持下,可实现高精度、高深度的一站式衣康酸化修饰组检测。另外,可搭配拜谱生物医药学坚决一定量靶向疗法代谢转化组(QMT1000)或能量转换分解靶点分解组设备对衣康酸及其类似物进行靶向绝对定量检测。多组学强强联手,有助于深入理解衣康酸化修饰的功能及其调控机制,为疾病机制机理研究提供科学依据,从而在指导靶向药物设计、疾病治疗等方面创造无限可能。欢迎咨询!
选取文献资料
1. Qin W,Zhang Y,Tang H, et al. Chemoproteomic Profiling of Itaconation by Bioorthogonal Probes in Inflammatory Macrophages. J Am Chem Soc. 2020;142 (25):10894-10898. 2. Su C,Cheng T,Huang J, et al. 4-Octyl itaconate restricts STING activation by blocking its palmitoylation. Cell Rep. 2023;42 (9):113040. 3. Anderson AM,Ragan MA. Palmitoylation: a protein S -acylation with implications for breast cancer. NPJ Breast Cancer. 2016;2:16028.