
近日,上海医科一本大学第二附设医疗机构王学浩科学院院士拜谱生物在Cancer Letters上发表了“O-GlcNAcylation of YBX1 drives a glycolysis-histone lactylation feedback loop in hepatocellular carcinoma”的研究论文。该研究建立了一个涉及YBX1糖酵解和H3K18乳酸化的正反馈循环,从而加速了HCC的进展。破坏这种反馈循环可能为HCC提供一种新的治疗策略。拜谱生物为该研究提供了转录组测序,淀粉酶互作组和靶点能量消耗分解检测分析服务。
国外英文主题词:O-GlcNAcylation of YBX1 drives a glycolysis-histone lactylation feedback loop in hepatocellular carcinoma(Cancer Letters IF:10.1)
中文翻译大标题:YBX1的O-乙酰葡糖胺化修饰驱动肝细胞癌中糖酵解-组蛋白乳酸化反馈环路
合作方行业:南京医科大学
分析装修材料:细胞
拜谱展示服务质量:转录组测序+核蛋白互作组+靶向药物养分细胞代谢组
的技术自驾路线:
科学研究报告单
01、YBX1被鉴定会为HCC中糖酵解的关健表观遗传
本调查采样HCC肿癌样本量(n=7)的单肺部癌症癌症癌细胞RNA测序数值资料集进行浅析,显示糖酵解抗逆性最主要的集中化在肿癌肺部癌症癌症癌细胞中,hdWGCNA浅析辨认出9个基因组包块(图1A-G)。TCGA-LIHC链表的存活浅析决定YBX1为自由存活的风险问题(图1H)。进这一步组合IHC、WB实验操作和肿癌组建与相邻非肿癌组建的服务器转录组学数值资料集确认YBX1是肝肺部癌症癌症癌细胞癌中药治疗的隐藏的靶点(图1I-K)。
图1:YBX1被判定为调整HCC血细胞糖酵解的关健缘由
02、YBX1有利于促进HCC中的有氧糖酵解和分裂繁殖
为了研究YBX1在调控HCC糖酵解中的作用。构建YBX1敲低细胞系,靶向药物能量场消化吸收组学检测,敲低后糖酵解途径的几个关键中间体显著减少,三羧酸(TCA)循环中间体的水平也降低了(图2A-D);结合葡萄糖碳示踪法、细胞外酸化率检测等实验证实YBX1敲低后,糖酵解活性受损,葡萄糖摄取和乳酸分泌减少,抑制HCC细胞增殖(图2E-K)。
图2:YBX1力促HCC中的有氧糖酵解和繁衍
03、OGT与YBX1结合起来并利于YBX1的O-GlcNAc糖基化
为了识别YBX1的调控因子,血清互作组分析显示YBX1与O-GlcNAc转移酶(OGT)相互作用,并结合Co-IP和共定位进行验证(图3A–E)。进一步创建了一个OGT K908A突变体,利用O-GlcNAc糖基化激活剂、抑制剂OSMI-1判断YBX1的O-GlcNAc糖基化的变化(图3F-H),结构域分析OGT的TPR结构域对于与YBX1的结合至关重要(图3I-L)。免疫沉淀YBX1的质谱分析揭示了六个潜在的O-GlcNAc糖基化位点,并结合点突变和分析证实T57是YBX1上关键的O-GlcNAc糖基化位点(图3M-O)。
图3:OGT与YBX1配合并提高网站YBX1的O-GlcNAc糖基化
04、YBX1的O-GlcNAc糖基化开展其磷碱化,然而促进会其核转位
进第每一步的检测YBX1的O-GlcNAc糖基化有没影晌其磷过酸,在OGT敲低的HCC血细胞核中或用OGT调接剂OSMI-1处里,YBX1核血清酶标准可观降低,YBX1磷过酸可观减低(图4A-C)。IP实验操作体现,在同样的Flag-YBX1底物标准下,YBX1-WT的磷过酸标准可观过于YBX1-T57A,呈现磷过酸的增高不光仅是意味更高的的YBX1核血清酶展示爱(图4D)。分离出来了核和质酚类化合物挖掘TMG处里的HCC血细胞核中YBX1核展示爱的提高(图4E-F),进第每一步挖掘YBX1磷过酸的重中之重调接成分是AKT(图4G-I)。等等挖掘特别强调O-GlcNAc糖基化进行促使其磷过酸来增强学习YBX1核血清酶稳定的性并促使核转位。
图 4.YBX1的 O-GlcNAc 淡化有助于其进那步发生了磷过酸淡化并也可以推进其核转位
05、YBX1力促PKM2转录
前期结果表明YBX1 O-GlcNAc糖基化通过增强糖酵解和细胞增殖促进HCC进展。为了研究YBX1如何调控糖酵解,我们在HCC细胞中进行了转录组测序分析,糖酵解相关基因集在YBX1敲低细胞中显著抑制(图5A-B)。RNA 测序数据和 CUT&Tag 数据集以及ChIP-qPCR、QRT-PCR 分析表明PKM2 和 LDHA 是 YBX1 的直接转录靶标(图5C-H)。
图 5.YBX1带动PKM2转录
06、YBX1 才能增加组淀粉酶乳酸性反应表达水平方向
理论研究找到YBX1敲低不错影响淀粉酶酶质乳硝化做用,尤为是H3K18乳硝化做用(图6A-C)。糖酵解阻止剂2-DG的测试查证了糖酵解与组淀粉酶酶乳硝化做用的直接性性关连,阻止糖酵解可不错影响H3K18la品质(图6D)。PKM2过展示可逆性转YBX1敲低所导致的的H3K18la急剧下降,之外源乳酸处里仅仅改善H3K18la,还伴有YBX1展示上浮,建议会出现领域反应(图6E-G)。CUT&Tag与ChIP-PCR查证,H3K18la借助生物富集于YBX1起动子直接性性促使其转录,该整个过程受O-GlcNAc糖基化国家宏观调控(图6H-J),并找到P300 上浮是YBX1改善H3K18乳酰化做用的新机制(图6K-L)。
图6.YBX1资料H3K18乳碱化绘制横向
文章内容个人心得体会
在这方面探索中简报了YBX1在HCC中高表述,如果与糖酵解谜切一些。YBX1在T57处被O-GlcNAc呈现,而使可靠血清质并添加其表述。这呈现还带动YBX1在T57处的磷酸性反应,带动其核易位。所以说,这全过程加强了糖酵解一些人类dna的转录并敏感乳酸的会产生。最后,YBX1激话P300的转录,转而驱程组血清的乳酸性反应,越来越是H3K18la,H3K18乳酸性反应单向房产调控YBX1人类dna转录(图7)。
图7.Y糖酵解-表观显性基因正负极馈环制度化图
拜谱个人心得体会
本研究结合了单细胞转录组、空间转录组的数据,利用转录组、蛋白互作组、代谢组以及多种分子实验揭示了一个YBX1-糖酵解-H3K18la 的反馈回路,驱动HCC进展,并提示针对HCC代谢的潜在治疗策略。拜谱生物技术为该研究提供了转录组测序,蛋白酶互作组和靶向药物体力排泄组技术服务,拜谱微生物建立了完善成熟的转录组学、蛋白酶组学、全文翻译后淡化组学、代谢率组学以及多组学联合产品技术服务体系,助力发表高分文献,欢迎致电咨询!
决定性论文
Ji Y, Xu Z, Tang L, Huang T, et,al.. O-GlcNAcylation of YBX1 drives a glycolysis-histone lactylation feedback loop in hepatocellular carcinoma. Cancer Lett. 2025 Oct 28;631:217957. doi: 10.1016/j.canlet.2025.217957. Epub 2025 Jul 26. PMID: 40721081.